中医康复理疗师证和医疗机构的医疗证在职业能力上是相辅相成的，它们都涉及到专业的技能和知识，但是在实际应用中，可能会有所区别。

从专业能力上看，中医康复理疗师证书主要对应的是中医相关的治疗理论知识，比如针灸、推拿等，以及相关的职业实践技能，而医疗机构的医疗证则更注重对患者的身体健康的诊断和治疗，包括医学知识、专业知识、操作技能等，两者的主要目标都是为患者提供最有效的医疗服务。

从服务范围上看，中医康复理疗师证书更多的是针对个体化、家庭化的治疗服务，通过合理的方式帮助患者恢复健康，而医疗机构的医疗证更侧重于大型医疗机构或专门的疾病治疗中心提供的全面医疗服务，如疑难杂症的治疗、慢性疾病的管理等。

这些也并不意味着他们之间完全不能互换使用，很多中医康复理疗师因为掌握了一些常用的治疗技术和方法，也可以考取医疗机构的医疗证，在一些特殊情况下，可能只需要一个认证就可以完成部分的诊疗任务。

中医康复理疗师证和医疗机构的医疗证在一定程度上可以互相补充，但在具体的操作中还是需要结合各自的专业能力和知识来选择，无论采用哪种方式，都需要严格遵守相关的法规和规定，确保自己的行为能够得到法律保护。