办理按摩师证的部门主要有两个，分别是国家卫生健康委员会和各省、自治区、直辖市的人力资源和社会保障厅(局)，这两个部门颁发的证书都是有效的，但是在实际工作中，不同的地区可能会有不同的政策和要求，如果你想要办理按摩师证，最好先了解一下你所在地的具体政策和要求。

国家卫生健康委员会是负责全国卫生和健康工作的政府部门，其颁发的证书在全国范围内都是有效的，如果你想要在全国各地从事按摩工作，那么这个证书将会非常有用，国家卫生健康委员会还会定期组织按摩师培训和考试，如果你通过了这些考试，就可以获得更高级别的按摩师证书。

各省、自治区、直辖市的人力资源和社会保障厅(局)也会颁发按摩师证书，但是这些证书的效力可能只限于当地范围，在北京、上海等大城市，持有当地人力资源和社会保障厅(局)颁发的按摩师证书可能更容易找到工作，而在其他地区，这个证书可能就不太有用了。

无论你是选择向国家卫生健康委员会还是各省、自治区、直辖市的人力资源和社会保障厅(局)申请办理按摩师证，都需要满足一定的条件和通过相应的考试，在实际工作中，除了拥有相关证书外，还需要具备一定的技能和经验才能胜任工作。